学校下设16个院部,现有31个本科专业(类)。药学、中药学、生物制药、制药工程、临床药学、药物制剂、药物化学、药事管理和中药资源与开发专业被评为国家一流专业建设点;药物分析、海洋药学、环境科学、食品质量与安全、英语、信息管理与信息系统、工商管理、生物技术被评为江苏省一流本科专业建设点;中药学、药物分析专业被评为江苏省课程思政示范专业;药学、中药学、生物制药、药物制剂和药事管理专业入选江苏高校品牌专业建设一期项目。“十三五”以来,获得省级以上专业建设立项或荣誉的专业共19个。药学、临床药学、制药工程、中药学专业通过教育部教育质量评估中心的专业认证,同时制药工程专业通过了中国工程教育专业认证。“基础药学拔尖学生培养基地”获批国家“基础学科拔尖学生培养计划2.0基地”。