学校现有3个一级学科博士学位授权点（药学、中药学、生物学），1个博士专业学位授权点（生物与医药），8个一级学科硕士学位授权点（药学、中药学、生物学、化学、基础医学、公共卫生与预防医学、生物医学工程、公共管理），5个硕士专业学位授权点（药学、中药学、生物与医药、应用统计、公共管理）。设有药学、中药学2个博士后流动站，可在3个一级学科、23个二级学科接收博士后人员。药学一级学科为国家一级重点学科，所覆盖的药物化学、药剂学、生药学、药物分析学、微生物与生化药学、药理学等6个二级学科均为国家重点学科。中药学学科入选国家“双一流”建设学科。药学、生物学学科获“江苏高校优势学科建设工程”三期项目立项建设。基础医学、生物医学工程、环境科学与工程入选“十四五”江苏省重点学科。
学校致力于建设以“大药学+X”为牵引、“新药科”和“大药学”为特征、面向世界一流的“现代药学学科体系2.0”。在全国第四轮学科评估中，药学学科获评A+。中药学学科入选国家“双一流”建设学科。2022年，药理学与毒理学、化学、临床医学、生物与生物化学、材料科学、农业科学6个学科领域的ESI排名进入全球前1%，其中药理学与毒理学学科排名全球前1‰（万分之2.4），位列全球第26位、亚洲高校第1位。在2022 US News 世界大学排行榜中，学校药理学与毒理学学科位列全球第13位、亚洲第1位。在世界大学排名中心（CWUR）学科排行中，学校药物化学学科位列全球第3位。在2021软科中国最好学科排名中，学校药学、中药学学科分别排名国内第1位、第2位，均进入“中国顶尖学科”。