学校下设16个院部,现有31个本科专业(类)。药学、中药学、生物制药、制药工程、临床药学、药物制剂、药物化学、药事管理、中药资源与开发、药物分析、生物技术专业被评为国家一流专业建设点;海洋药学、环境科学、食品质量与安全、英语、信息管理与信息系统、工商管理专业被评为江苏省一流本科专业建设点;中药学、药物分析专业被评为江苏省课程思政示范专业;药学、药物化学、中药制药专业获评江苏省产教融合型品牌专业。制药工程专业通过了中国工程教育专业认证,并获评江苏省卓越工程师教育培养计划2.0专业建设点。药学、临床药学、制药工程、中药学专业通过教育部教育质量评估中心的专业认证。现有国家级人才培养基地3个,国家级人才培养模式创新实验区2个,国家级实验教学示范中心2个,国家级虚拟仿真实验教学中心1个,国家大学生校外实践教育基地建设项目5个。